Ngày 14 tháng 1 năm 1992, Đỗ Văn Ngân được truyền chức linh mục tại Giáo phận Xuân Lộc. Sau khi được thụ phong, giám mục Giáo phận Xuân Lộc bổ nhiệm tân linh mục Ngân đảm trách cương vị linh mục phó giáo xứ Ninh Phát. Ông giữ chức vụ phó xứ đến năm 1994, sau đó được bổ nhiệm làm linh mục chính xứ Ninh Phát và giữ chức vụ này đến năm 2005.[6] Trong khoảng thời gian này, ông đã có công hoàn tất việc xây dựng nhà thờ mới cho giáo xứ do linh mục tiền nhiệm Mátthêu Phạm Hảo Kỳ khởi công vào năm 1992.[13]

Từ năm 1995 đến năm 2005, linh mục Ngân là công chứng viên tòa án hôn phối Giáo phận Xuân Lộc. Năm 1998, ông nhận tấm bằng Cử nhân Văn học tại Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn Thành phố Hồ Chí Minh.[7] Từ năm 2005 đến năm 2006, linh mục Ngân đảm trách nhiệm vụ Giáo sư Đại chủng viện và quản nhiệm giáo xứ Suối Tre.[6][10]

Năm 2006, Đỗ Văn Ngân du học Philippines tại Đại học Santo Tomas (Thánh Tôma), Manila và nhận văn bằng Cao học Triết học năm 2010.[7] Sau đó, ông hồi hương và đảm trách vai trò Phó Giám đốc Đại chủng Viện, đặc trách phân ban triết học tại Đại chủng viện Thánh Giuse Xuân Lộc.[6] Ngày 10 tháng 6 năm 2016, tân Giám mục chính tòa Giáo phận Xuân Lộc Giuse Đinh Đức Đạo bổ nhiệm linh mục Gioan Đỗ Văn Ngân làm tổng đại diện Giáo phận Xuân Lộc.[6]